Задача научно-методического обеспечения создания и развития музея возложена на лабораторию «Международный центр исламских исследований», созданную в 2017 г. в МАЭ РАН при участии Санкт-Петербургского регионального информационно-аналитического центра Российского института стратегических исследований, Московского Исламского института (учредитель Духовное управление мусульман Российской Федерации), Государственного музея истории религии и фонда AL MAQAM. Основой работы Центра является целевая программа «Межцивилизационное взаимодействие, этническая история и многообразие культурного наследия исламских народов мира в исторической динамике», разработанная МАЭ РАН во взаимодействии с рядом отечественных и зарубежных научных, учебных, музейных и аналитических центров.
В своей работе Музей будет также активно взаимодействовать с Восточным факультетом СПбГУ, Государственным Эрмитажем, Российским этнографическим музеем, Государственным музеем истории религии, Государственным музеем Востока, Российской национальной библиотекой им. М. Е. Салтыкова-Щедрина, Европейским университетом в Санкт-Петербурге, Школой гуманитарных наук и искусств НИУ ВШЭ, Институтом востоковедения РАН, Институтом восточных рукописей РАН, Институтом стран Азии и Африки МГУ, Российским университетом дружбы народов, профильными учреждениями Москвы, Казани, Уфы, Махачкалы, Грозного и опираться на научные достижения их сотрудников.