Важнейшей научной задачей нового Музея является создание общедоступных баз данных, содержащих материалы о наследии мусульманских народов России. Вторым ключевым направлением научной работы Музея должно стать изучение многообразия исламского мира, в том числе суфийских практик и наследия, тесно связанного с локальной историей и культурой. Здесь предполагается регулярное проведение полевых исследований с целью получения качественно новых знаний о мусульманских народах и их культурах и приобретения музейных коллекций. В начале XX века академик В. В. Радлов, директор МАЭ, выдвинул и блестяще реализовал принцип «целенаправленного собирания коллекций путем научных экспедиций и командировок лиц, предварительно подготовленных к такой деятельности в музее»[1]
см. Матвеева П.А. «Все человечество едино»: В.В. Радлов и МАЭ. С. 126–127
. Опираясь на этот опыт и разработанные методики сбора экспонатов, наш Музей разрабатывает обширную экспедиционную программу, которая явится продолжением работ, предпринятых в рамках Международного центра исламских исследований МАЭ РАН.

Научная программа Музея предполагает инициирование проектов, посвященных исследованию киберислама и киберэтнографии, проявлений этнической и религиозной идентичности в виртуальной среде, коммуникативных технологий религиозных и «этнических» практик, представленных в режиме онлайн.

Музей планирует осуществление собственной издательской программы, реализуемой во взаимодействии с ведущими издательствами, музейными, научными и учебными центрами. Статьи сотрудников музея будут на регулярной основе публиковаться в международном журнале “Manuscripta Orientalia” (Scopus, Q1), к изданию которого Музей планирует подключиться на постоянной основе.

Планируются публикации научно-популярных книг и создание видеофильмов, посвященных музейным коллекциям, экспедиционными и выставочными проектами.

Научная деятельность музея предполагает усиление международного и межрегионального характера исследований и разработок, в том числе на базе дальнейшего развития партнерства с ведущими зарубежными научными и образовательными центрами, музеями и международными организациями.
На базе музея предусматривается проведение научных конференции и круглых столов (будут функционировать большой и малый конференц-залы). Предусмотрены также обмен специалистами и научные стажировки.